De Philippine Stock Exchange verscheen voor het eerst in 1993, maar de geschiedenis ervan loopt veel langer. De beurs was een fusie van de Manila Stock Exchange en de Makati Stock Exchange, waardoor een enkele beurs in de Filipijnen ontstond. De fusie diende ook als een symbool voor een land dat zijn aandeel in politieke verdeeldheid had gezien, zodat het land in een unieke richting kon handelen.
De Manila Stock Exchange werd op 8 augustus 1927 opgericht door vijf Amerikaanse zakenlieden. Het was in het Insular Life-gebouw op Plaza Cervantes, Binondo. Oprichters W.P.G. Elliot, W. Eric Little, Gordon W. Mackay, John J. Russell en Frank W. Wakefield zeiden dat ze een effectenbeurs wilden die het publiek zou dienen, ethische normen zou toepassen en goede zakelijke praktijken zou handhaven. Ze beweerden ook dat de handel in aandelen de economie van de Filipijnen zou stimuleren. De Manila Stock Exchange verhuisde in 1992 naar Pasig.
De jongere Makati Stock Exchange werd opgericht op 27 mei 1963. Ook deze had vijf stichtende leden:Miguel Campos, Bernard Gaberman, Aristeo Lat, Eduardo Ortigas en Hermenegildo B. Reyes. Omdat de Filippijnen al een werkende beurs hadden, was er verzet tegen een tweede. De centrale, die zich in het Insular Life-gebouw in Makati bevond, ging pas op 16 november 1965 in bedrijf. In 1971 verhuisde het naar een eigen gebouw aan de Ayala Avenue in Makati.
Hoewel de Filippijnen twee beurzen hadden, handelden ze allebei in dezelfde aandelen. Ze deden dubbele inspanningen, maar ze hadden verschillende polissen, verschillende leden en verschillende aandelenkoersen. Al snel werd duidelijk dat het land slechts één beurs nodig had.
De Filippijnse president Fidel Ramos leidde de inspanningen om de twee uitwisselingen tot één te verenigen. De Philippine Stock Exchange werd opgericht op 14 juli 1992 en op 23 december kwamen zowel de Makati- als de Manila-beurzen overeen om er deel van uit te maken.
De eerste raad van gouverneurs voor de Philippine Stock Exchange werd op 20 maart 1993 gekozen. Zij waren de president van de beurs en 14 aangesloten makelaars. Eduardo de los Angelos was de eerste president van de Philippine Stock Exchange en Eduardo C. Lim was de eerste voorzitter van de raad van bestuur. Nog geen jaar later verleende de Securities and Exchange Commission de beurs haar vergunning om als effectenbeurs te opereren. Tegelijkertijd werden de licenties voor de uitwisselingen van Manilla en Makati ingetrokken. De Philippine Stock Exchange bevindt zich in het Philippine Stock Exchange Centre, Ortigas Centre, Pasig City en aan de PSE Plaza, Ayala Avenue, Makati City. De Philippine Stock Exchange heeft verbeteringen aangebracht in haar doel om een vooraanstaande beurs te worden. Het werd lid van de Association of National Numbering Agencies in 1995. In 1998 maakte de Securities and Exchange Commission van de Philippine Stock Exchange een zelfregulerende organisatie, waardoor het zijn eigen regels kan creëren en straffen kan opleggen aan leden.